客户少支付了1000元且现在不同意补款，该如何是

首先，可尝试与客户再次协商补款。若协商无果，根据《合同法》等相关法律，可通过诉讼要求客户补款，否则可能面临违约责任。不及时处理，可能影响业务合作及信誉。
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针对不同情况处理方式：1.**若客户有诚意**：可签订补款协议，明确补款金额和时限。2.**若客户拒绝补款**：收集交易记录等证据，发送律师函警告，准备起诉材料。3.**已产生纠纷**：直接咨询专业律师，采取法律手段解决。
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法律上，常见的处理方式包括协商和诉讼。优先尝试与客户友好协商，明确补款要求和后果。若协商不成，则应准备相关证据，通过法律途径起诉客户，要求补款并赔偿可能产生的违约金。