公司为何将超过5000元的工资分两次发放，是为了

公司分两次发工资不算合理避税，可能涉及逃税。依据《中华人民共和国个人所得税法》，工资应合并计算纳税，分次发放若旨在避税则违法。不及时纠正，可能面临税务稽查及处罚。
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公司分次发工资需谨慎。若避税，立即停止并咨询税务机构；若合理安排，需：1.明确告知员工并解释原因；2.确保每次发放都符合税法规定；3.定期审查，避免误触法律红线。
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公司分两次发工资的处理方式需审视其目的。若确为避税，应立即停止并纠正；若为合理安排，需确保符合税法。选择处理方式时，应咨询专业税务机构，确保合法合规。